Apoyado por una parte en los consejos de Johan Cruyff, y por otra en la labor del vicepresidente deportivo Sandro Rosell, cambió radicalmente las estructuras deportivas del club y fichó como secretario técnico al ex jugador Txiki Begiristain.
Dio la baja al entrenador Radomir Antic e intentó fichar, primero a Guus Hiddink, después al entonces entrenador del Ajax Ronald Koeman y finalmente apostó como entrenador por el holandés Frank Rijkaard, pese a que apenas contaba con experiencia como entrenador.
En cuanto a los jugadores, Laporta no pudo fichar
y que bueno al jugador que había anunciado durante la campaña electoral: David Beckham fichó por el Real Madrid. Aun así, a pesar del poco tiempo para preparar la nueva temporada y la falta de recursos económicos en el club, Laporta lideró una profunda renovación en la plantilla del primer equipo de fútbol: dio la baja a 12 jugadores, y se invirtió 44,4 millones de euros en siete incorporaciones (
Ronaldinho (27 millones de euros), Quaresma (6m. €), Rafael Márquez (5 m.€), Luís García (4 m.€), Mario (2,4 m.€), Rustu (0 €), y Gio Van Bronckhorst (0 €). Ante la mala marcha del equipo en los primeros meses, en enero se incorporó al equipo Edgar Davids, cedido por la Juventus.
Y de ese proyecto el único que sigue en la entidad blaugrana ha sido el mexicano ahora con opción a renovar por dos años más, ni Ronaldinho dos veces balón de oro pudo quedarse, ya ni hablar de Quaresma que anda de un lado para otro y en ningún lado lo quieren.

Chafita Márquez debutó en la Primera División de España el 3 de septiembre de 2003, en el partido FC Barcelona 1-1 Sevilla.
Su primer gol con el Barça lo materializó contra el Betis el 17 de septiembre de 2003.
Tras una dura primera temporada de adaptación debido a las lesiones, en la que disputó sólo 21 encuentros, se consolidó como titular del equipo en la temporada 2004-05, en la que en algunos partidos fue cambiado de su posición normal (defensa central) a volante central, debido las lesiones de los jugadores Motta, Edmílson y Gerard. En esa temporada colaboró a que el FC Barcelona se proclamara campeón de la Liga española de fútbol el 14 de mayo de 2005, en un partido en que se empató 1-1 ante el Levante.
La temporada siguiente continuó siendo fijo en las alineaciones del equipo, consiguiendo la Supercopa de España, revalidar el título de liga y la Liga de Campeones de la UEFA. Tras la disputa de la Copa Mundial en Alemania, renovó su contrato con el FC Barcelona por 38.5 millones de dólares hasta el año 2010.
Durante 2006 y 2008 no la pasamos nada bien los seguidores del Barca, tirar a la basura dos ligas, perder el Mundial de clubes, eliminación de Champions, el pasillo al Madrid, sólo se ganó una Copa Catalunya creo y la Supercopa de España, entienden? nada bien!
Problemas con jugadores y directivos, se fue Ronaldinho, Deco, Rijkaard, Giuly, Edmilson, Belletti, Larsson, todos aquellos que llegaron con el proyecto se iban uno por uno, Márquez tenía los días contados en el Barca, pero llegó alguién: Pep Guardiola!, habló con el central y le dió una segunda oportunidad, formó un equipazo y creo que todos conocemos la historia.
2008-2009 es una temporada que nunca olvidaremos la gent blaugrana, el triplete histórico, el mejor equipo del mundo, cuando el fútbol se convirtió en arte, el set en el Bernabeu 2-6, Iniesta, Xavi y Messi los mejores futbolistas del mundo, baño de 45 minutos al Bayern con un fútbol perfecto, y bueno, esperemos que haya fiesta para rato.

Rafael Márquez, el único futbolista que queda de aquel proyecto en 2003 de Laporta, que hasta ahora ha ganado casi todo, no es fácil permanecer en este equipo y lo hemos visto. Ánimo Rafa.
Visca el Barca!